L version final del Phantom, fue el F-4S, la version remanufacturada del F-4J, con avionica mas moderna, mejoras aerodinamicas, fue el ultimo avion analogico puro, aunque se hicieron pruebas con tecnologia mas avanzada, que realmente fue un peligro, los pocos F-4 con esos cambios, parecian ser iguales al F-15, lo que llevo a que se cancelaran todos los desarrollos, solo permitiendose a la IDF actualizar los suyos.
El F-4S era identico exteriormente al F-4J, el gran cambio fue interior, y en los modelos de serie, los esquemas de pintura mas opacos, aunque los primeros, todavia tenian esquemas mas vistosos.
